毛細管電泳儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分析科學繼液相色譜儀之后的又一重大進展，使分析科學從微升級進入到了納升級水平，不僅使單細胞乃至單分子分析成為可能，也使蛋白質和核酸等生物大分子分析有了新的轉機。
毛細管電泳儀分析對進樣技術要求很高，進樣操作事項如下。
一、進樣區帶越小越好：
無論采用何種進樣方式，毛細管插入樣品溶液的深度一般要少于毛細管總長度，以盡量減少樣品溶液經毛細吸附進入毛細管而影響進樣量的性。
二、進樣時間以短為宜：
通常進樣時間，此時毛細管粘附的樣品量相對于吸入的體積可忽略不計。
雖然毛細管電泳的進樣時間可，但由于毛細管插入樣品管時不可避免地會粘附一些溶液，進樣時間過短會影響分析的重復性。
三、樣品預濃縮：
受毛細管內總體積的制約，對于濃度很稀的樣品，毛細管電泳不能象HPLC那樣可加大進樣量來提高檢測靈敏度，但可采取一些措施來改善。
1、當樣品緩沖液的電導明顯低于電泳緩沖液時，毛細管兩端加上電壓后可在樣品區帶前后形成一個更大的電場，使樣品溶液中的分子遷移的更快。當這些分子到達電泳緩沖液邊界時，由于電場減弱，遷移速度減慢，使樣品區帶由寬變窄，濃度提高，而達到濃縮的目的。
2、當樣品緩沖液和電極緩沖液的電導一樣，而樣品濃度較稀，不適合再作稀釋時，可在進樣前先吸入一些水，也能達到濃縮的目的。
無論采取何種進樣方式，上述方法都可使樣品堆積濃縮。但由于在堆積區帶電勢陡降，會導致此區帶溫度升高。
四、毛細管插入樣品溶液后，應立即開始進樣操作，完成后迅速移至緩沖液中開始電泳。否則會產生毛細作用和虹吸現象，引起誤差并使譜帶展寬。
五、電極不要和毛細管接觸，樣品貯器和緩沖液貯器液面的高度應保持平衡。
六、使系統盡可能保持恒溫。因溫度直接影響粘度，而影響進樣量的恒定。
七、樣品溶液中的溶劑必須與緩沖液互溶，前者的離子強度應低于后者。
八、防止樣品溶液和緩沖液蒸發、損耗。
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